Depuis l’entrée en vigueur du traité de Lisbonne en décembre 2009, la présidence de l’UE est scindée en deux. Si la présidence tournante du Conseil européen disparaît au profit d’un président nommé pour deux ans et demi, elle continue cependant d’être assurée semestriellement par les Etats membres au niveau du Conseil de l'UE (Conseil des ministres).

Chaque pays préside à tour de rôle l’Union européenne pour une période de six mois, selon le calendrier adopté par le Conseil de l’UE. Depuis le 1er janvier 2013, l'Irlande assure la présidence du Conseil de l’UE sur la base d’un programme commun élaboré par les trois Etats de la troïka (en concertation avec le Président du Conseil européen). La troïka vise à assurer la continuité de l’action du Conseil de l’UE en instaurant une présidence « collégiale » de 18 mois qui repose sur la collaboration étroite entre les 3 pays qui assureront successivement la présidence.

Dans la pratique, la présidence du Conseil de l’Union européenne organise et gère administrativement les sessions des groupes de travail et veille au bon déroulement des travaux. Elle choisit de mettre plus particulièrement l'accent sur des priorités politiques qu'elle annonce en amont. Elle joue également un rôle de médiateur dans la mesure où elle anime les discussions entre les Etats membres, tente de concilier les points de vue divergents, et formule des propositions de compromis de façon à aboutir à des décisions qui feront consensus.

Elle est en outre chargée d’organiser et de conduire l’ensemble des réunions des différentes formations sectorielles du Conseil, hormis le Conseil des Affaires étrangères présidé par le Haut représentant de l’Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité (actuellement Catherine Ashton).

La présidence dispose enfin de prérogatives importantes dans le cadre des relations interinstitutionnelles. Elle assure un rôle important dans les négociations avec les autres institutions de l’UE et en particulier avec le Parlement européen qui doit donner son accord, dans le cadre de la procédure de codécision, pour l’adoption de la plupart des actes législatifs de l'UE.

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