Le SGAE est dirigé depuis juin 2007 par :

M. Gilles BRIATTA conseiller Europe au cabinet du Premier ministre.

Les précédents secrétaires généraux :

•  Mme Pascale ANDREANI (2002- 2007), ministre plénipotentiaire
•  M. Jean VIDAL (1997- 2002), conseiller d'État
•  M. Jean CADET (1995- 1997), ministre plénipotentiaire
•  M. Yves-Thibault de SILGUY (1993- 1995), conseiller des Affaires étrangères
•  M. Bernard VIAL (1990-1993),directeur de recherche à l'INRA
•  Mme Elisabeth GUIGOU (1985-1990), administrateur civil hors classe
•  M. Jean-Claude PREVEL (1982-1985), administrateur civil hors classe
•  M. Pierre ACHARD (1979-1982),inspecteur des finances
•  M. Jean-Claude PAYE (1977-1979), ministre plénipotentiaire
•  M. Jean-René BERNARD (1967-1977), inspecteur général des finances
•  M. Jean DROMER (1966-1967), inspecteur général des finances
•  M. François-Xavier ORTOLI (1961-1966), inspecteur général des finances
•  M. Jacques DONNEDIEU de VABRES (1955-1960), maître des requêtes au Conseil d'Etat
•  M. Paul DELOUVRIER (1953-1955), inspecteur des finances
•  M. Thierry de CLERMONT-TONNERRE(1952-1953), inspecteur des finances
•  M. Bernard JACQUIN de MARGERIE(1949-1951), inspecteur des finances
•  M. Pierre-Paul SCHWEITZER (1948-1949), inspecteur des finances