L'ordre juridique communautaire s'intègre dans l'ordre juridique interne des Etats membres.

Cette intégration s'opère selon des modalités différentes selon que les actes adoptés par les institutions européennes sont d'application directe, comme c'est le cas des règlements aux termes de l'article 249 du Traité instituant la Communauté européenne (TCE), ou appellent en principe des mesures nationales d'exécution, comme c'est le cas des directives ou décisions-cadres, aux termes, respectivement, des articles 249 du TCE et 34 du Traité sur l'Union européenne (TUE).

La méconnaissance par les Etats membres des obligations qui leur incombent dans la transposition des directives ou, plus largement, dans l'application du droit communautaire, peut conduire la Commission européenne, dans son rôle de gardienne des Traités, à engager des procédures à leur encontre sur le fondement des articles 226 et 228 du TCE, susceptibles de conduire à leur condamnation en manquement par la Cour de justice des Communautés européennes, voire à des sanctions pécuniaires.

Au-delà de la définition des positions françaises dans la négociation, le SGAE assure le suivi de la transposition en droit interne des directives et des décisions-cadres, conformément à la circulaire du 27 septembre 2004 du Premier ministre . Ce suivi global est assuré par le secteur juridique, chaque secteur étant responsable de l'organisation du travail interministériel pour les directives qui le concernent.

Les réponses des autorités françaises à la Commission européenne dans le cadre des procédures pré-contentieuses (mise en demeure, avis motivé) sont préparées au plan interministériel sous l'égide du SGAE. Les secteurs concernés, en liaison avec le secteur juridique, coordonnent la préparation de ces réponses.

Le traitement interministériel des affaires en instance devant les juridictions communautaires s'effectue également sous l'égide du SGAE, que ces affaires concernent directement la France (comme les recours en manquement dirigés contre la France, ou, à l'inverse, les recours introduits par la France, les questions préjudicielles soulevées par les juridictions nationales) ou indirectement (comme les questions préjudicielles d'autres Etats membres ou les recours introduits par d'autres Etats membres ou par les institutions). C'est en fonction des décisions arrêtées au niveau interministériel que la direction des affaires juridiques du Ministère des affaires étrangères rédige le mémoire qui sera déposé au nom du Gouvernement français auprès des juridictions communautaires ou plaide au nom du Gouvernement dans les phases orales de la procédure.