C’est en 1948, au lendemain de la Seconde Guerre mondiale, qu’a été institué le Secrétariat général du Comité interministériel pour les questions de coopération économique européenne ou « S.G.C.I » Placé sous l’autorité du Premier ministre, il était chargé d’assurer la coordination interministérielle en vue de préparer les décisions du Gouvernement français concernant l’aide du « plan Marshall ». La mise en œuvre de ce plan s’effectuait sous l’égide de l’OECE (Organisation Européenne de Coopération Economique), première organisation de coopération économique européenne devenue l’OCDE (Organisation de Coopération et de Développement Economiques) en 1961..

Le S.G.C.I. a vu son rôle se renforcer à chaque étape de la construction européenne : ainsi, lors de la signature du traité de Rome, il a été chargé de l’élaboration des positions de la France sur les questions communautaires et de la coordination entre les autorités publiques françaises et les institutions européennes.

Le S.G.C.I. a progressivement été appelé à couvrir l’ensemble des domaines définis par le traité sur l’Union européenne, à l’exception de la politique étrangère et de sécurité commune (PESC) qui est de la compétence du ministère des Affaires étrangères et européennes, pour autant que cette politique ne fasse pas appel à des instruments communautaires.

L’appellation qui lui avait été donnée à l’origine ne rendait donc plus compte de la réalité de ses attributions. Le Secrétariat général du Comité interministériel pour les questions de coopération économique européenne est ainsi devenu le Secrétariat général des affaires européennes (SGAE), conformément au décret 2005-1283 du 17 octobre 2005  (relatif au Comité interministériel sur l'Europe et au Secrétariat général des affaires européennes).

M. Serge GUILLON, contrôleur général économique et financier de 1ère classe, est secrétaire général des affaires européennes depuis le 24 mai 2012. 

Les précédents secrétaires généraux :

• M. Pierre HEILBRONN (intérim/mai 2012), inspecteur des finances
• M. Charles FRIES (2011-2012), ministre plénipotentiaire
• M. Gilles BRIATTA (2007-2011), ministre plénipotentiaire
• Mme Pascale ANDREANI (2002-2007), ministre plénipotentiaire
• M. Jean VIDAL (1997-2002), conseiller d'État
• M. Jean CADET (1995-1997), ministre plénipotentiaire
• M. Yves-Thibault de SILGUY (1993-1995), conseiller des affaires étrangères
• M. Bernard VIAL (1990-1993), directeur de recherche à l'INRA
• Mme Elisabeth GUIGOU (1985-1990), administrateur civil hors classe
• M. Jean-Claude PREVEL (1982-1985), administrateur civil hors classe
• M. Pierre ACHARD (1979-1982), inspecteur des finances 
• M. Jean-Claude PAYE (1977-1979), ministre plénipotentiaire
• M. Jean-René BERNARD (1967-1977), inspecteur général des finances
• M. Jean DROMER (1966-1967), inspecteur général des finances
• M. François-Xavier ORTOLI (1961-1966), inspecteur général des finances
• M. Jacques DONNEDIEU de VABRES (1955-1960), maître des requêtes au Conseil d'Etat
• M. Paul DELOUVRIER (1953-1955), inspecteur des finances
• M. Thierry de CLERMONT-TONNERRE (1952-1953), inspecteur des finances
• M. Bernard JACQUIN de MARGERIE (1949-1951), inspecteur des finances
• M. Pierre-Paul SCHWEITZER (1948-1949), inspecteur des finances