Le Secrétariat général des affaires européennes est une structure d’environ 200 agents située au 68 rue de Bellechasse à Paris. Son organisation interne repose sur des secteurs dont l’évolution correspond à l’architecture des compétences de l’UE.

L’élaboration des positions françaises constitue le cœur de métier du SGAE. Le travail des secteurs métiers du SGAE est rythmé par les réunions des groupes de travail, organes préparatoires des décisions du Comité des représentants permanents (Coreper) et du Conseil.

Le SGAE coordonne les contributions des différents ministères français sur un sujet donné, sur la base desquelles il rédige un projet d'instructions définissant la position de la France qui sera tenue dans les groupes de travail. Cette position, élaborée sur la base des échanges interministériels, est ensuite transmise aux conseillers de la Représentation permanente de la France auprès de l'Union européenne chargés d'exprimer et de défendre les positions françaises au sein des institutions européennes.

Le SGAE compte actuellement dix-neuf secteurs opérationnels, à la tête desquels se trouvent trois secrétaires généraux adjoints ainsi que deux conseillers. Ces secteurs recouvrent l'ensemble des domaines d'activité de l'Union européenne. Un secteur se charge de coordonner les aspects logistiques (le secteur « Administration générale »).

Les secteurs opérationnels (ou métiers) peuvent être répartis en deux catégories :

• Les secteurs thématiques et/ou géographiques du SGAE : LCP, JUD, SEC, FIN, AGRAP, POLEST, COOP, RELEX, EURATOM, ITEC, MICA, TESC, TREG et auxquels peuvent être assimilés, hors champ européen, OCDE et CIAA : respectivement chargés de la coordination interministérielle des positions françaises devant l’OCDE et la FAO. Ces secteurs sont prioritairement chargés de la coordination interministérielle et de la transmission d’instructions à la Représentation permanente à Bruxelles pour la négociation des textes au sein des groupes de travail, du Coreper et du Conseil de l’UE. Ils rédigent également les notes des autorités françaises destinées à la Commission dans le cadre de prises de position en amont ou de précontentieux.

• Les secteurs transversaux du SGAE : ADMIN qui regroupe les services support (GRH, MIT, DOC, INFO) ; JUR pour le conseil juridique et le suivi des contentieux (transpositions, infractions et aides d’Etat) ; PARL pour les relations avec le Parlement européen (promotion de la position du Gouvernement, animation des chargés de mission envoyés par les ministères au sein des commissions du PE) et le Parlement national (information des assemblées et transmission de leurs résolutions et réserves) ; PIF pour le suivi de la présence française et la promotion de l’influence française au sein des institutions européennes ; PROCOORD pour la prospective, la coordination, la modernisation et la communication.

Les chefs de secteur sont issus de la plupart des administrations et grands corps de l'État. Ils sont assistés par des adjoints venant du ministère de l'Économie, des Finances et de l'Industrie mais aussi des ministères chargés des affaires étrangères, de l'agriculture, de la défense, de l'écologie, de l'intérieur, de la justice, ou de la santé…

Le Secrétariat général des affaires européennes organise régulièrement en son sein des réunions au début des négociations au Conseil, dans le but de lancer les travaux au niveau français. La préparation de ces positions françaises s'effectue au cours de réunions interministérielles organisées au SGAE, plus de 1400 par an. Environ 800 d'entre elles se déroulent en visioconférence chaque année. Le SGAE dispose à cet effet de trois salles de visioconférence permettant d'accueillir jusqu'à trente participants et de se connecter avec trois sites en simultané.