Le SGAE exerce sa mission de coordination interministérielle au stade de l'élaboration du droit européen, par la préparation des positions françaises dans les négociations qui aboutiront à l'adoption des actes de la Communauté européenne ou de l'Union européenne, comme au stade de l'adoption des mesures nationales d'exécution des directives et décisions-cadres, par le suivi interministériel de la transposition et le traitement des contentieux communautaires liés à cette adoption.

Dans la phase d'amont, le SGAE veille en particulier, en liaison avec le Secrétariat général du Gouvernement, à la mise en œuvre de la procédure de l'article 88-4 de la Constitution du 4 octobre 1958 afin d'identifier la nature législative ou réglementaire des mesures nationales d'exécution et permettre aux Assemblées parlementaires de se prononcer sur les propositions d'actes négociées par les institutions européennes (voir Présentation/Relations avec les Parlements). Il veille plus largement, en liaison avec les ministères concernés, à ce que , soient bien mesurés les différents impacts des actes en cours de négociation, avant leur adoption.

Dans la phase d'aval, il  est chargé de veiller à ce que les obligations communautaires soient respectées par les différents ministères responsables [ voir Droit communautaire ].